Δύο προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών υλοποιούνται με επιτυχία στο Τμήμα Φυσικοθεραπείας Αιγίου, γεγονός που αποδεικνύει την πανεπιστημιακή εγκυρότητα και εμβέλεια του τμήματος. Στα αντικείμενα κατάρτισης των μεταπτυχιακών συμμετέχουν φοιτητές από πολλές περιοχές της χώρας αλλά και του εξωτερικού. Ενδεικτικό μάλιστα του κύρους που έχει αποκτήσει η Σχολή είναι η συμμετοχή τελειόφοιτων από τα Ηνωμένα Αραβικά Εμιράτα σε μεταπτυχιακό για απόκτηση master στην θεραπευτική άσκηση. Ο συνολικός αριθμός σπουδαστών σήμερα. είναι 700 τα μαθήματα διεξάγονται εξ αποστάσεως, ενώ έχουν απομείνει κάπου 80 σπουδαστές της Οπτικής. Αναφορικά με το ζήτημα της συνέχισης λειτουργίας του Τμήματος στο Αίγιο υπάρχει ένα θετικό μήνυμα που προέρχεται από την εκλογή άλλων 3 καθηγητών που θα ενισχύσουν το εκπαιδευτικό δυναμικό και θα ανεβάσουν το σύνολο των καθηγητών σε δώδεκα. Σε εκκρεμότητα εξάλλου εξακολουθεί να βρίσκεται η οριστική έγκριση της πρότασης του Πανεπιστημίου Πατρών για μεταφορά του τμήματος στην πρωτεύουσα του νομού Αχαΐας.